Коли вийшло у світ його «Введення в історію Ізраїлю», він був позбавлений професорської кафедри богослов'я і став викладачем давньосхідних мов.
Розберемо основні висновки, зроблені Велльгаузеном в результаті його досліджень. Викладені в Старому Завіті оповіді про патріархів, про вихід євреїв з Єгипту, мандрування їх по пустелі і т. д. завершуються не приходом їх до Йордану, чим закінчується П'ятикнижчя, а завоюванням Палестини і осіданням у ній, про що розказано в книзі Ісуса Навина. На цій основі Велльгаузен почав розглядати як ціле не П'ятикнижжя, а Шестикнижжя, тобто П'ятикнижжя разом з книгою Ісуса Навина. Цей підхід мав не тільки формальний, а й принциповий характер, бо він означав, що для наукового аналізу не має жодного значення церковне вчення про П'ятикнижжя як цільний твір, що належить одному автору: мова повинна йти не про Мойсеєве П'ятикнижжя, а про безіменне Шестикнижжя.
Так само як і його попередники, Велльгаузен виділяв в якості окремого твору Другозаконня, походження якого було встановлено де Ветте. В іншому тексті Шестикнижія він знаходив як щось ціле «основне джерело», або Елохіст. "Ця частина Шестикніжжя, - писав він, - характеризується схильністю до числа і міри, схематизмом, застиглим педантичною мовою, постійними повтореннями одних і тих же виразів і обертів, які майже не зустрічаються в найдавнішій єврейській мові. Завдяки цим різко вираженим характеристичним рисам, її можна дуже легко і без помилки дізнатися "[13].
У «основне джерело» Велльгаузен включав всю книгу Левіт, більшу частину книги Чісл, а також ряд глав книг Буття і Вихід. За змістом ця частина Старого Завіту містить переважно законодавство, що відноситься до богослужіння в скинії, що служила у кочівників-євреїв храмом. Для позначення цього «основного джерела» Велльгаузен запропонував нову назву - Жрецький кодекс, тобто кодекс богослужбових та інших законів, вироблений жерцями бога Яхве. Ця назва закріпилася в біблійній науці і скорочено позначається латинською буквою P - першою буквою німецького слова «Priesterkodex».
Жрецький кодекс становить і за обсягом і за значенням основний масив Шестикнижія. Як вказує радянський дослідник Н.М. Нікольський, у матеріалі біблійного законодавства Жрецький кодекс становить 75 відсотків, а в оповідній частині Старого Завіту він дає нитку, що зв'язує її в одне ціле. Велльгаузен і поставив своїм завданням з'ясувати історію появи цієї основної частини Шестикнижжя.
Церковне вчення відносить ті частини Біблії, в яких міститься Жрецький кодекс, до найбільш раннього періоду історії євреїв. Спочатку Мойсей дав євреям закон, обов "язковий для всіх часів; на основі цього закону і розвивалася потім історія єврейського народу. Таким чином, євреї нібито отримали Жрецький кодекс вже в XIII столітті до н. д. е., і відтоді зобов'язані були слідувати йому у своєму приватному і суспільному житті, особливо у відправленні релігійних обрядів.
Велльгаузен перевірив цю обставину на великому історичному матеріалі і дійшов висновку, що Жрецький кодекс з'явився не в XIII столітті, як цьому вчить церква, а значно пізніше.
Наведемо деякі з його міркувань з цього питання. Якби Жрецький кодекс був відомий євреям так давно, то в книгах Суддів, Царств, пророків згадувалися б його приписи, саме життя і побут євреїв цього періоду відповідали б цим приписам. Між тим, життя єврейського народу в згаданих старозавітних книгах зображується так, як ніби вони і не чули про те, що існують вимоги і приписи Жрецького кодексу.
Це особливо чітко видно на матеріалі історії релігійного культу. Відомо, що спочатку у давніх євреїв служіння богам і, зокрема, богу Яхві відбувалося в різних місцях по всій країні - на висотах і в священних гаю, у жертовників постійних або споруджуваних для кожного окремого випадку. Надалі культ централізувався настільки, що встановилася практика богослужіння в одному центрі - в єрусалимському храмі.
Велльгаузен простежив, яким чином цей процес централізації культу знайшов відображення в Шестикнижії. Результати виявилися дуже цікавими. В Яхвісті ніякої централізації ще немає, множинність жертовників і пунктів богослужіння не зустрічає заперечень; це зрозуміло, бо Яхвіст є найбільш стародавнім елементом Шестикнижжя.
У Другозаконі висувається вже вимога єдності місця богослужіння, і ця вимога носить наступальний характер, проголошується боротьба проти святилищ і жертовників, які перебувають поза храмом; тут видно другий щабель розвитку.
Нарешті, в Жречеському кодексі про єдність місця богослужіння вже говориться, як про само собою зрозуміле, як про щось давно існуюче.
Ясно, що Жрецький кодекс виражає останній етап тієї еволюції, яку пережила старозавітна релігія. Цей висновок Велльгаузен перевіряє на багатьох інших матеріалах. Наприклад, свята, встановлені Жрецьким кодексом, безсумнівно, більш пізнього походження, ніж свята, що встановлюються в Яхвісті і Другозаконі. Те саме стосується такого питання, як організація духовенства. У найдавніші часи євреї не мали духовенства, окремого від мирян. Надалі з'являються жерці-левіти, потім виділяється верхівка жречества на чолі з первосвящеником, який не тільки очолює духовенство, але і претендує на головну роль у виниклому до цього часу єврейській державі.
Якщо прослідкувати, як цей процес позначився в Шестикніжжі, то знову підтвердиться положення про пізнє походження Жрецького кодексу, бо в ньому вперше йдеться про первосвященика і жерців. Навіть у книгах Суддів і Царств немає жодного натяку на владу первосвященика, на переважаючий вплив жерців у суспільному житті; «дійсно впливовими вождями народу є судді, люди зовсім не духовного звання» [14].
Отже, Жрецький кодекс з "явився пізніше книг Суддів і Царств. У Жрецькому кодексі передбачається виконання віруючими такої маси обрядів, такого складного молитовного церемоніалу, який абсолютно неможливо виконувати в пустелі, в умовах кочового життя. З книжок, що належать до епохи царів, не видно, щоб цей церемоніал навіть тоді виконувався. Він був, звичайно, введений в значно пізніший період.
Велльґаузен розглянув під цим кутом біблійні книги, які йдуть за Шестикнижжям. Виявилося, що вони свого часу зазнали певної обробки відповідно до законодавчих книг Шестикнижия, тобто Другозаконням і Жрецьким кодексом. При цьому на більш ранніх з них, книгах Царств, лежить відбиток вимог Другозаконня, а більш пізні, Параліпоменон, явно оброблені в світлі вимог Жрецького кодексу. Це знову свідчить про те, що Жрецький кодекс являє собою пізніший щабель у законодавчій частині Біблії, ніж Другозаконня. А ми вже знаємо, що, як довів де Ветте, Другозаконня було написано близько 621 р. до н. е.
Коли ж виник Жрецький кодекс? У 586 р. до н. е., тобто через 35 років після появи Другозаконня, вавилонський цар Навуходоносор взяв Єрусалим і викрав верхівку єврейського народу в полон («вавилонське полонення»). Велльгаузен вважає, що саме у вавилонському полоні і сформувався Жрецький кодекс. Коли велика частина жерців була відправлена в полон, богослужіння було припинено, і, щоб не забувся ритуал, його потрібно було записати. Спочатку цим зайнявся пророк Єзекіїль, у книзі якого записано звичайний ритуал єрусалимського храму. Навколо Єзекіїля зібралася велика група жерців, які складали «Закон».
Після відновлення храму в Єрусалимі і повернення частини євреїв на батьківщину богослужіння відновилося. Тоді складання Жрецького кодексу набувало тим більше важливого значення. Тому робота над ним тривала. Коли в середині V століття до н. е. Ездра і Неемія повернулися з Вавилона до Єрусалима на чолі групи репатріантів, вони привезли з собою і опублікували книгу Мойсеєвого закону. Про це говориться в біблійних книгах Ездри і Неемія. Цією книгою Мойсеєвого Закону був Жрецький кодекс. Згадаймо, що і Спіноза вважав справжнім автором і, щонайменше, редактором-упорядником П'ятикнижжя Ездру. Але у Спінози це було тільки здогадкою, Велльгаузен же обґрунтував її досить вагомими аргументами. Виявилося, таким чином, що тільки незначна частина П'ятикнижжя була написана раніше VII століття до н. е., Другозаконня з'явилося в 621 р., а більша частина інших книг (Жрецький кодекс) - в 444 р., тобто майже на тисячу років пізніше того часу, до якого відносять церковники відповідні частини П'ятикнижжя.
У середині і другій половині XIX століття наукове дослідження Біблії отримало новий багатий матеріал через археологічні розкопки в Месопотамії та деяких інших близькосхідних країнах.